牙齿矫正有副作用，但副作用可能因人而异。有些情况下，矫正医生也不是特别了解其发生机制，具体如下：
1、牙根会变短，因为正畸时在牙齿移动的过程中，有些破骨细胞要把牙槽骨杀伤，可能在杀伤牙槽骨时，并不知道杀伤的是牙槽骨或者是牙根。如果矫治力量大或者患者是易感体质，可能有些患者在矫正后牙根会变短，牙齿可能就不是特别牢固；
2、在矫正过程中，很多青少年患者，特别是孩子，本身的卫生习惯不太好，刷牙时间太短、不认真，在牙齿上残留很多的食物残渣。当食物残渣发酵后，产酸，对牙齿产生龋坏作用，特别在牙齿表面，很多时候矫正结束以后发现牙体表面已经变黄，有的还变坑，是矫治中间不希望发生的副作用。所以需要患者或者家长认真督促刷牙，做好口腔卫生，有些还需要口腔医生帮助；
3、牙龈发炎，因为矫治器不好清洁，如果仅仅是牙龈发炎，矫正结束以后，去除矫正的装置，洁牙以后炎症就会逐渐痊愈，而且比牙周病的痊愈好很多，矫正以后牙周一般不会有过多损伤。
牙齿矫正是非常生理的，经过近百年临床验证的正途的牙齿排列治疗方式。很多宣传的烤瓷冠是给牙齿戴一个永久的瓷套。除非要磨除更多的牙体，否则矫正前突是空想。如果前牙无缝隙的前突，还要考虑拔牙正畸。
牙齿排列不齐，存在严重拥挤或接近重度拥挤 (拥挤程度达10毫米以上) 时，要想排齐牙齿、达到美观要求，同时又得保证矫治后效果的稳定，就应根据需要拔除牙齿。 利用拔牙间隙解除拥挤、排齐拥挤的牙齿，使牙量与骨量相协调，使牙齿在牙弓上排列整齐，并建立良好的咬合关系；拥挤度在II-III度的患者拔牙的可能性较大。如果不拔牙齿而勉强排齐牙列，那么矫治效果就不稳定，很容易复发成原先的拥挤错合畸形。利用拔牙间隙调整后牙咬合关系，达到比较大的咬合接触面积，形成比较好的咀嚼效率。可以说是有益无害的。 在牙弓垂直不协调（前牙开合、深覆合）、牙弓宽度不调（后牙锁合、反合、磨牙关系不对称、中线偏斜）、上下牙弓之间牙量不调（先天缺牙）的情况下，优先考虑拔牙矫正治疗。
正畸拔牙矫治一般来说并无明显害处，通常医生首选的是口腔中的病牙或对咀嚼功能影响小的牙，一般都不会造成咀嚼功能的下降。而且，矫治还可以改善原来咀嚼功能不好的牙齿，既增强了功能，又改善了美观。至于是否需要拔牙、拔几颗牙、拔哪些牙，必须需由医生根据临床检查、X线检查、模型分析等精确测量牙齿拥挤度、为了保证牙齿的上下协调性和左右双侧的对称性，临床上比较常见的是拔除上、下、左、右颌四个双尖牙。有智齿的，同时也建议拔除。矫正结束时，拔牙间隙都会被正畸医生精确的关闭，患者和家长不必产生担忧，拔除四个双尖牙进行矫治后，不会影响到牙齿的功能和健康，在我国正畸患者中大约50%——60%是需要拔牙才能进行矫正的。
现在越来越多的人选择区牙科医院做牙齿矫正以求美观平整的牙齿，但是如果没有正规的操作，牙齿矫正的危害是很大的，在牙齿矫正期间，也就是在带牙套的这段时间里，矫正的装置（如结扎丝、托槽、带环等）会增加食物在牙齿缝隙堆积的机会，这些缝隙牙刷不容易够着，容易滋生细菌，增加了患上牙科疾病的风险，所以带牙套期间一定要注意口腔卫生，将牙齿矫正的危害降到低价。
一般进行牙齿矫正都需要长时间带牙套，带上牙套之后，脸型以及嘴巴都会受到很大的影响，直接影响着整体形象。而且带上牙套后不能吃太过坚硬的东西，像坚果类的几乎都不能吃，另外带牙套后牙齿会经常出现口腔炎症等问题，要经常刷牙来保持口腔的清洁，减少炎症发生的几率。
牙齿问题一直困扰了许多的爱美人士，牙齿发黄或者是牙齿歪斜都会自身的颜值有着很大的影响，牙齿歪斜可以到美容机构进行牙齿矫正。虽然牙齿矫正是比较好的治疗牙齿不整齐的项目，但是也会有一些副作用的发生，例如牙根吸收、牙槽骨降低以及牙齿松动等都是比较常见的副作用
危害一：矫正牙齿时，牙根表面也发生着吸收、增生这种重建活动。治疗后，牙根凭着自身修复能力而恢复正常，但如果治疗中加力过大，会增加牙根吸收的危险性。
危害二：做过牙齿矫正治疗的人，牙槽骨高度都会有少量的降低，这是由于戴矫治器使口腔卫生不易保持，增加患牙龈炎的机会，对牙槽骨有一定的影响，在治疗完成后，牙槽骨不会再继续发生吸收，如果口腔卫生保持好，牙槽骨会逐渐恢复正常。
危害三：在正常情况下，每个牙都有一定的生理动度以便能缓冲咀嚼压力，防止牙齿受创伤。在做矫正治疗时，牙齿松动度增加，这是正常反应。
危害四：对牙髓的影响：在牙齿矫正治疗初期，牙髓内产生轻度的、暂时性的炎症反应，表现为患者在加力的头几天内有疼痛或不适感。
到正规的医院去，术后按照医生的交代来进行保养能有效的减少副作用的发生