玻尿酸是人体真皮组织之一，所以对自身不会出现排斥等毒副作用；它也不是蛋白质，因此引起过敏反应的机会就减小许多。不过但任何东西都不是百分百完美的，它也有些许不足之处。如注射后可能会产生暂时性的轻微发红、肿胀、瘙痒现象，不过这些也是所有手术的基本症状，通常在几天后消失。

另外，玻尿酸注射剂量、注射部位、注射时机等都有严格要求，如果因为医生注射经验不足，也可能造成其它问题，所以如果要进行注射玻尿酸，一定要到正规医疗机构去，这样效果和安全方面才会得到保障。

注射填充类的玻尿酸，又称为透明质酸，是人体皮肤内的一种细胞外间质成分。做填充时，经常被用作于隆鼻、丰唇、填下巴，甚至于额颞部的充填。其比较大的副作用是栓塞，是由于注射的层面、注射的速度、注射的部位有错误。其次，可出现局部的凹凸不平、左右不对称，或者是注射过量等。如果出现玻尿酸注射的过量，会导致局部肿胀。因为玻尿酸有一定吸水作用，在鼻背隆鼻时，可能使鼻背变宽。甚至在进行泪沟填充时，泪沟没填下去，反倒出来一个眼袋，所以玻尿酸注射过量，也是其副作用。所以为了避免这些副作用，建议受术者到正规医院，才能避免此类副作用。

玻尿酸是人体的正常的成分之一，玻尿酸的副作用主要表现在注射方面的。2016年1月发表在美国整形外科杂志上有一个共识指出玻尿酸注射的不良反应，按照时间可以分为早期的并发症和晚期的并发症。早期的并发症包括过敏以及超敏反应、瘀青、出血、填充剂的移位、血管的栓塞、软组织的坏死等等。晚期并发症包括炎症反应、结节、肉芽肿、色素的沉着，填充剂的移位等。