一般没有长期的副作用，玻尿酸的特性是能和人体组织相容，令它发生过敏反应的几率小，一般而言不需要先做皮肤的敏感测试。术后并发症一般可见动脉栓塞、纤维化及肉芽组织的形成、局部的红、肿及疼痛、局部血肿甚至感染、病人的焦虑及异物感等，主要是由于医生的操作有关。
玻尿酸注射也是有禁忌症的，孕期或哺乳期女性、年龄在18岁以下的患者、局部有炎症或感染的皮肤、服用抗凝血药期间注射该品，引起肿胀或出血风险极大。因此医生在注射前向患者询问是否对透明质酸过敏，以及既往病史。
玻尿酸的特性是能和人体组织相容，也造成它会慢慢的被人体吸收。一般玻尿酸手术效果能管6-12个月左右，维持的时间不是很长，一般术后的4-8个月内就要注射第二针了，要不吸收了以后就会变回以前的样子了。注射玻尿酸后可能会产生暂时性的轻微发红、肿胀、搔痒现象，但这些不适应的情况通常会在几天后消失。玻尿酸的副作用较少，它不是蛋白质，因此引起过敏反应的机会就减少许多，而且也很容易被人体分解，因此对人体比较没有长期性的副作用。