任何手术都有风险，正颌外科手术也不例外，可能发生的并发症包括以下几个方面：
1、下牙槽神经受损：下牙槽神经主要掌管下唇附近皮肤的感觉。由于该神经在下颌骨内行径的位置接近下颌骨矢状劈开术时切开的部位，在手术进行中可能因震动与拉扯而损伤。损伤后会使下唇附近皮肤的感觉变得不敏锐，发生的几率约为十分之一。约有90%的患者在术后三、四个月后会逐渐改善恢复，但有少数人可能会恢复不完全，而下唇持续有感觉迟钝的情形。但是并不影响日常生活，且颜面各部分运动不受影响，不会有歪嘴流口水的情形。
2、术后感染：所有的手术都有感染的机会。由于正颌手术开刀的伤口多在口内，术后若口腔卫生不良，以及生活作息不规律，都会增加感染的机会。整体而言，感染的几率约为3%。术后感染的处理，大部分只需在门诊追踪、服用抗生素治疗。部分情况可能需要在门诊时稍微打开伤口引流，帮助恢复。只有极少数需要住院，应用抗生素或再行清创治疗。
3、固定用钛钉、钛板外露：基本上这些用来固定切骨处钛钉、钛板与人体组织的相容性很好，一旦置入，不需要另外移除。但有时因为伤口感染或愈合不良会有松动外露的情形，此时可以考虑在骨头愈合后，以局部麻醉的小手术来移除，时间约是在开刀后半年到一年。
4、嘴角皮肤擦伤：由于手术切口在口内，所有的器械都必须伸入口内，对嘴唇附近的皮肤，尤其是嘴角部分，约7~10%的机会造成一些浅层的皮肤擦伤，在一至两周会自行愈合，通常不会留下疤痕。
5、出血与备血：施行下颌骨矢状劈开术或LeFortI型上颌切骨术时出血量会比较多，为了避免出血过多造成的问题与输血的不良反应，在术前会先安排自体输血。手术前1周左右抽取病患本身400mL的血存放于血库，待手术有需要时，以自身的血液回输，比较安全卫生。
6、脸型改变后的心理问题：在接受正颌手术后，脸上的特征会有很明显的改变。虽然开刀的结果会使脸型比例变成正常，但有部分人会产生自我认同的问题。周边的亲友同事可能会因为脸型的差异不认识你，如果他们比较认同手术之前的脸型特征，在手术后有些无心的负面评价，这时便会造成心理上的压力与适应问题。一般而言，越年轻适应的情形越好，而且会有很好的正面效果。但是三十岁以上、社会成就越大、人际关系越广的人，这个适应问题会越严重。有时需要半年以上才会恢复自信。所以在手术前，一定要和医师有良好的沟通，必要时可能还要咨询精神科医师。